Uniwersytecki Szpital Dziecięcy w Krakowie powstawał w latach, kiedy standardy leczenia i możliwości medycyny były zupełnie inne. W XXI wieku prawidłowo funkcjonujący szpital dziecięcy to nie tylko dobrze wyposażone sale operacyjne i bogate zaplecze diagnostyczne, ale także bezpieczna, funkcjonalna przestrzeń, stwarzająca komfortowe warunki pracy personelu medycznego i rekonwalescencji pacjentów, dlatego od wielu lat Dyrekcja Szpitala zabiegała o środki finansowe na przeprowadzenie gruntownej modernizacji tego najważniejszego w regionie szpitala dziecięcego.
Do 2004 roku roku Polska nie mogła jeszcze korzystać ze środków unijnych, a zdobycie środków ze strony władz miejskich lub wojewódzkich było niemożliwe nawet ze względów formalnych. Dlatego ówczesny dyrektor Szpitala, dr hab. Maciej Kowalczyk zadecydował o powołaniu Biura Akcji Odnowy, które – na wzór amerykańskich organizacji fundraisingowych – zajęło się pozyskiwaniem środków na modernizację Szpitala. Dzięki licznym działaniom marketingowym, udało się zrealizować wiele projektów, a informacja o potrzebach Szpitala docierała także do władz. Później pojawiły się również nowe możliwości korzystania z programów unijnych. W 2009 dzięki dotacjom z Unii Europejskiej ruszyła budowa nowego Centralnego Bloku Operacyjnego z Centralną Sterylizatornią i Oddziałem Intensywnej Terapii. Jednostka ta została oddana do użytku we wrześniu 2011 r.. W 2010 roku udało się zdobyć środki – również z Unii Europejskiej – na remont Oddziału Chirurgicznego.
Najważniejszym jednak osiągnięciem jest Program Przebudowy Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie na lata 2011- 2016. Po latach intensywnych starań Dyrekcji i przy dużym wsparciu posłów i senatorów (głównie senatora Pawła Klimowicza) oraz władz miasta, województwa i Uniwersytetu Jagiellońskiego, w maju 2011 Rada Ministrów zatwierdziła Program i przeznaczyła na ten cel 201 mln zł, a w czerwcu ówczesna minister zdrowia Ewa Kopacz, odwiedziła Szpital, by osobiście przekazać dokument podpisany przez premiera Donalda Tuska.
- W lutym 2015 r. otwarto wyremontowany oddział chirurgiczny (69 łóżek). Projekt w 85 proc. finansowany był ze środków unijnych w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko. W ramach projektu, na potrzeby zmodernizowanego Oddziału, zakupiono wyposażenie gospodarczo-meblowe oraz specjalistyczne i wysokospecjalistyczne wyposażenie medyczne. Poprzez przebudowę każdego z odcinków nastąpiła zmiana organizacji funkcjonalnej Oddziału. Pomieszczenia na odcinkach VIII, IX, X przeznaczone zostały na: pokoje wielołóżkowe, izolatki, łazienki pacjentów, personelu i rodziców, stanowiska pielęgniarskie z zapleczem, pokoje zabiegowe, dyżurki i pokoje socjalne personelu, pomieszczenia gospodarcze i magazynowe.
- W budynku C powstał Szpitalny Oddział Ratunkowy. Znalazły się tam nowoczesne sale zabiegowe, zamykany podjazd dla karetek, przestronna poczekalnia dla pacjentów i dyżurki lekarskie. SOR połączony jest śluzą z lądowiskiem, którego płyta ma powierzchnię 550 metrów kwadratowych. Mogą na nim lądować śmigłowce Lotniczego Pogotowia Ratunkowego o masie całkowitej do 5,7 ton. W trakcie modernizacji szpitala rozdzielona została droga dojazdu dla karetek oraz samochodów rodziców pacjentów.
- W wyremontowanej kuchni zainwestowano w nowoczesny sprzęt gastronomiczny oraz urządzenia utrzymujące odpowiednią temperaturę posiłków transportowanych na oddziały. Nowością jest również możliwość przyrządzanie posiłków metodą sous-vide. Polega to na długotrwałym gotowaniu lub pieczeniu w niskiej temperaturze zapakowanych próżniowo produktów. Dzięki temu posiłki mogą być zdrowsze i smaczniejsze.
- Szpitalna apteka po modernizacji jest jedną z najnowocześniejszych tego typu placówek w Polsce. 24 godziny na dobę przygotowywane są tu indywidualne dawki leków doustnych, dożylnych, cytostatyki oraz mieszanki do leczenia żywieniowego. Inwestycja pozwoliła na wprowadzenie systemu dystrybucji leków „unit-dose”. Umożliwia to przygotowywanie w aptece jednostkowo zapakowanych, i odpowiednio opisanych dawek medykamentów dla każdego pacjenta. Celem innowacji jest bezpieczniejsze, skuteczniejsze leczenie oraz usprawnienie gospodarki lekami.
- W budynku B (najstarszej części szpitala) wykonano prace w zakresie przebudowy części dydaktycznej (aula, sale seminaryjne) i pomieszczeń biurowych oraz oddziału kardiochirurgii, prosektorium, Pracowni Radiologii i Pracowni Patomorfologii.
- Zakończono przebudowę budynku J, w którym znajduje się centralna serwerownia i dyspozytornia techniczna szpitala z centrum komputerowym.
- Dobudowano dodatkowe pomieszczenia w budynku C dla potrzeb oddziału neurochirurgii i ortopedii. Powstały tam pokoje wielołóżkowe, izolatki, łazienki pacjentów, personelu i rodziców, stanowiska pielęgniarskie z zapleczem, pokoje zabiegowe, dyżurki i pokoje socjalne personelu, pomieszczenia gospodarcze i magazynowe.
- Zmodernizowano stację transformatorową, dzięki której szpital wyposażono w nowoczesną sieć elektryczną umożliwiającą m.in. zasilanie nowej sali hybrydowej i oddziałów chirurgicznych.
- Wyremontowano i rozbudowano Budynek A, tzw. Okrąglak. Na początku 2017 roku przeniesiono tam pięć oddziałów (kardiologia, gastroenterologia, reumatologia i choroby środowiskowe, onkologia i hematologia oraz leczenie żywieniowe). W sumie w budynku mieści się blisko 200 łóżek. Dzięki rozbudowie zyskano także dodatkową przestrzeń (ok 1000 m kw.), które przeznaczono na dyżurki lekarskie, pomieszczenia biurowe oraz pokoje nauki i zabaw dla dzieci. Dostępne są również dwie strefy socjalno-wypoczynkowe dla rodziców. W skład każdej z nich wchodzi aneks kuchenny, łazienka oraz pokój wypoczynkowy wraz z leżankami i rozkładanymi fotelami.
- W lipcu 2018 roku oddano do użytku budynek „K” – pierwszy z pięciu remontowanych obecnie tzw. budynków rehabilitacji. Wykonano w nim remont pokrycia dachu, montaż instalacji, stolarki aluminiowej, wykończenie i wyposażenie pomieszczeń. Do wyremontowanych gabinetów przeniesiono m.in. poradnie alergologiczną, pulmonologiczną, logopedyczną, oraz poradnię socjalno-prawną.
- Pod koniec 2018 roku zakończono prace budowlane w budynkach M (pomieszczenia administracyjne i socjalne) oraz L (oddziały). Po odbiorach zostaną tam przeniesione oddziały neurologii, nefrologii oraz pulmonologii i alergologii oraz poradnia.
- Wkrótce rozpocznie się modernizacja budynków N (oddziały) i O (sale rehabilitacyjne). Zgodnie z planem ostatnie pawilony powinny być gotowe do odbioru w 2020 roku.
W przygotowaniu jest kolejny program mający na celu dokończenie modernizacji oraz rozbudowę szpitala. Plany obejmują: modernizację Centrum Ambulatoryjnego Leczenia Dzieci oraz laboratoriów, a także budowę nowego obiektu zawierającego m.in. oddział chorób infekcyjnych, psychiatrii dzieci i młodzieży oraz przewlekłej respiratoroterapii. Program zakłada budowę dwóch wielopoziomowych parkingów.