W dniu 28.12.2010 r. została zawarta pomiędzy Szpitalem, a Centrum Systemów Informacyjnych Ochrony Zdrowia umowa o dofinansowanie inwestycji.  W grudniu 2015 r. zrealizowano ostatnie zakupy wyposażenia.

Projekt obejmował przeprowadzenie prac modernizacyjnych Oddziału Chirurgicznego na odcinku VIII, IX i X, o całkowitej powierzchni 1564 m² (I piętro, budynek B). Na potrzeby zmodernizowanego oddziału zostało zakupione i zamontowane wyposażenie gospodarczo – meblowe oraz specjalistyczne i wysokospecjalistyczne wyposażenie medyczne. Poprzez przebudowę każdego z odcinków nastąpiła zmiana organizacji funkcjonalnej oddziału. Pomieszczenia na odcinkach VIII, IX, X przeznaczone zostały m.in. na pokoje wielołóżkowe, izolatki, łazienki pacjentów, personelu i rodziców, stanowiska pielęgniarskie z zapleczem, pokoje zabiegowe, dyżurki i pokoje socjalne personelu, pomieszczenia gospodarcze i magazynowe. W sumie w oddziale znajduje się 69 łóżek chirurgicznych
w tym 22 dla niemowląt.  Przy każdym pokoju pacjentów znajdują się łazienki. Przybyło również łazienek i toalet dla rodziców, które obecnie znajdują się w obrębie oddziału. Jest też pomieszczenie socjalne dla rodziców wyposażone w lodówkę, kuchenkę mikrofalową, czajnik i zaplecze meblowe. Na odcinku niemowlęcym znajduje się pomieszczenie socjalne dla matek karmiących. Oddział jest doskonale wyposażony w nowoczesny sprzęt medyczny taki jak: inkubatory otwarte, kardiomonitory, wózki iniekcyjne, w obrębie każdego odcinka znajdują się doskonale wyposażone zabiegówki. Oddziały uwzględniają także inne potrzeby małych pacjentów: na salach chorych znajdują się telewizory oraz świetlica dla dzieci.

Jest to niezwykle istotna inwestycja dla całej wysokospecjalistycznej opieki pediatrycznej w regionie. Uniwersytecki Szpital Dziecięcy w Krakowie jest szpitalem ostatniej szansy dla najciężej chorych dzieci z terenu Polski Południowej. Leczeni są tu pacjenci w zakresie wszystkich specjalności pediatrycznych oraz chirurgicznych. Przewidywane korzyści z realizacji inwestycji to m.in.: poprawa dostępności specjalistycznych i wysokospecjalistycznych świadczeń zdrowotnych, poprawa jakości świadczonych usług medycznych, udogodnienia dla rodziców/opiekunów przebywających z dziećmi na oddziale, skrócenie czasu pobytu dziecka na oddziale.

Kierownikiem Kliniki Chirurgii Dziecięcej od października 2014 r. jest dr hab. Wojciech Górecki. Co roku w oddziałach chirurgicznych hospitalizuje się ponad 4 tys. dzieci i przeprowadza się ok. 6.5 tys. zabiegów operacyjnych. Oddział znajduje się w budynku B – najstarszej części szpitala, a zatem od dawna wymagał remontu i unowocześnienia.

Projekt jest współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko. Całkowity koszt to 12 842 189,46 zł, w tym przyznana kwota dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego wynosi 8 104 024,54 zł. Inwestycję wsparła także Gmina Miejska Kraków w kwocie 3 308 042,94 zł, co umożliwiło sfinansowanie części wyposażenia medycznego i meblowo – gospodarczego. Pozostała kwota 1 430 121,98 zł pochodzi z budżetu państwa. 

Szczegółowe informacje dotyczące Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko na stronie internetowej głównego serwisu poświęconego temu programowi www.pois.gov.pl