Lekarz kardiochirurg kwalifikuje chore dziecko do zabiegu operacyjnego. Czas przeprowadzenia zabiegu jest uzależniony od charakteru wady i stan pacjenta. Dziecko powinno pojawić się w szpitalu 1-3 dni przed zabiegiem operacyjnym.
Termin planowej operacji może zostać przesunięty z powodu konieczności wykonania bardzo pilnego innego zabiegu ratującego życie, często dotyczy to przyjmowanych noworodków.
Podczas pobytu dziecka na salach intensywnego nadzoru możliwe są tylko krótkie odwiedziny. Podczas całego pobytu na oddziale intensywnego nadzoru starsze dziecko będzie informowane, że jego najbliżsi pozostają w pobliżu oraz, że ich obecność przez cały czas nie jest możliwa. Po poprawie stanu ogólnego dziecka zostaje ono przeniesione na oddział kardiochirurgii. Cewniki oraz linie bezpośredniego pomiaru ciśnień stosowane na sali intensywnego nadzoru przed przeniesieniem są usuwane.
W przypadku złożonych wad serca całkowity pobyt w szpitalu, bez żadnych komplikacji i przy bardzo dobrym procesie zdrowienia wynosi 10-14 dni, w przypadku prostych wad serca pobyt w szpitalu nie przekracza 4-7 dni.